La Universitat de Lleida seqüencia el genoma de la perdiu roja

Una recerca de la Universitat de Lleida (UdL) ha permès seqüenciar el genoma de la perdiu roja (Alectoris rufa), una espècie clau en els ecosistemes del sud-oest d’Europa, on juga un paper crucial en l’equilibri ecològic. L’estudi, en col·laboració amb la Universitat Rovira i Virgili (URV), l’han publicat a la revista ‘Scientific Reports’, del grup Nature. Els resultats de la investigació, en què han acoblat el 96,9% dels gens, incloent-hi codificadors d’ARN i proteïnes, poden ajudar a l’hora de desenvolupar estratègies efectives de gestió i conservació d’aquestes aus. Combinant paquets informàtics i processos d’anàlisis d’última generació, l’equip ha estudiat el material genètic de 60 exemplars de perdiu, 30 salvatges i 30 de granja.

El professor de la UdL i investigador de grup ‘Biologia de sistemes i mètodes estadístics per a la recerca’ de l’IRBLleida, Rui, Alves, explica que de totes les aus amb genoma seqüenciat fins ara, hi ha aproximadament 9.000 gens que són comuns. D’aquests n’han pogut trobar la seqüència “per a la gran majoria en la perdiu”. Els restants no hi són perquè s’han perdut amb l’evolució o tenen una seqüència d’ADN molt diferent dels corresponents en altres aus i per això no s’han pogut identificar.

El personal investigador també ha comparat el genoma de la perdiu roja amb la guatlla japonesa (Coturnix japonica) i el gall (Gallus gallus). Els tres ocells estan estretament relacionats i presenten un cariotip compartit de 39 cromosomes. Una anàlisi filogenètica comparativa d’aquests genomes suggereix que els genomes de la perdiu comuna i la guatlla japonesa es van separar fa aproximadament 20 milions d’anys, mentre que l’ancestre comú de totes dos espècies va divergir del gall fa uns 35 milions d’anys.

Els resultats també assenyalen que el 13% dels gens anotats estan associats a funcions metabòliques, mentre que un 11% estan implicats en el processament d’informació ambiental, inclòs el 9% dedicat a tasques de transducció de senyals. El conjunt de gens exclusius de la perdiu roja està significativament enriquit en gens relacionats amb processos virals (5 gens), regulació de la resposta immune (8gens) i despolinització de microtúbuls (16 gens), relacionada amb l’eliminació de cèl·lules en divisió.

Alves ha subratllat que l’anàlisi d’enriquiment genètic “suggereix” que la perdiu roja va desenvolupar un conjunt diferent de gens reguladors i proteïnes de resposta viral, probablement modelats per infeccions i pressions específiques de l’espècie. Aquesta recerca, representa un “avanç significatiu” cap a la creació d’un genoma de referència complet per a aquesta espècie, ha afegit el catedràtic de Ciència Animal de la UdL, Jesús Nadal. Aquest recurs genòmic es converteix en una eina “inestimable” per a la identificació, gestió, protecció i conservació de la perdiu comuna silvestre, facilitant la implementació de mesures de gestió més precises i fonamentades. També proporciona una base sòlida per a futures recerques sobre l’evolució i adaptació de les espècies, tant en els seus hàbitats naturals com en captivitat, sosté Nadal.